Le parcours du musée est chronologique. Les salles, distribuées autour de patios présentant la flore des différentes périodes de la Préhistoire, sont largement ouvertes vers l’extérieur par de grandes baies vitrées. Des grands moulages de sols des sites préhistoriques de Pincevent et d’Étiolles permettent l’évocation du travail de fouille et montrent les vestiges archéologiques tels qu’ils apparaissent lorsque les archéologues les découvrent.
Deux circuits de visite sont proposés au public :
- Le circuit principal (salles 1 à 7) retrace chronologiquement les traits généraux de la Préhistoire régionale,
- Le circuit d’approfondissement (numéroté en bis) comporte quatre salles supplémentaires qui complètent le circuit principal.
Dans la version numérique, seul le parcours principal (excepté la salle 4) et les patios ont été numérisés. Cette visite virtuelle s'apparente donc à mise en bouche et une invitation à vous rendre sur place !