Au total, le musée compte 11 salles d’exposition permanente et un espace réservé aux expositions temporaires. Mais un parcours réduit de 7 salles a été prévu pour les enfants et le public non averti. Celui-ci présente de manière synthétique et visuelle la chronologie de la Préhistoire régionale.
Les collections archéologiques présentées sont très variées : restes d’animaux disparus comme le mammouth ou le mégacéros, armes et outils en silex, harpons et aiguilles en os, pirogues en bois, poteries et haches en pierre polie, casques en bronze, épées en fer…
De plus, pour faciliter la compréhension des enfants, ces objets sont mis en scène dans de grandes fresques peintes qui ornent le fond des vitrines. Ces peintures très réalistes, signées Gilles Tosello, permettent d’imaginer l’utilisation de ces objets dans la vie quotidienne des hommes préhistoriques.