Les six jardins intérieurs du musée, rénovés en 2015 par le paysagiste Philippe Niez, perpétuent la volonté initiale de l’architecte Roland Simounet d’un bâtiment en harmonie avec son environnement. Deux jardins ornementaux évoquent un paysage sauvage, inspiré de la forêt primaire, où une rivière de galets sillonne entre d’archaïques fougères arborescentes. Les quatre autres patios, en relation avec la scénographie des salles adjacentes, déclinent comme autant de tableaux, à travers des micro-paysages et des palettes végétales spécifiques, l’adaptation de la végétation selon différentes grandes périodes climatiques.